הבדיקה בטוחה עם שיעור סיבוכים נמוך. תופעות לוואי עשויות לכלול כאבי גרון, גזים או תחושת נפיחות לאחר הבדיקה. באם נלקח ביופסיית מחט ( FNA/FNB) באופן נדיר יכולה להיגרם דלקת בלבלב, אשר לרב הינה קלה עד בינונית, ולעיתים נדירות חמורה. סיבוך אפשרי נוסף הוא זיהום, בעיקר בניקור ציסטה, ועל כן לפני כן ינתנו הוראות נטילת אנטיביוטיקה ובעת השחרור ינתנו הוראות להמשך נטילתה. לעיתים נדירות יכול להיגרם דימום ממקום הדקירה, אשר לרב נעצר ספונטנית. לעיתים נדירות ביותר הדימום משמעותי ומצריך טיפול בבית חולים.
סיבוכים נדירים כולל נזק לשיניים או מיתרי הקול, ניקוב הושט, קיבה או התריסריון.
לעיתים עשוי להיגרם גם כאב מקומי במקום החדרת העירוי במקום בו מוזרקות תרופות הטשטוש, אשר חולפת כעבור מספר ימים.
מעבר לסיבוכי הבדיקה קיימים גם סיבוכים בגין הטשטוש כגון תגובות אלרגיות לחומר ההרדמה, הפרעות נשימה או הפרעות בפעילות הלב.
